基因云馆新一代信息数据库

流程:

(1)表达谱数据的收集整理

首先从Genelibs数据库查找研究正常人与疾病患者基因的表达谱数据。

   示例数据：

   疾病:儿童肿瘤相关

   数据来源: EMBL-EBI数据库

   平台：Affymetrix GeneChip Human Gene 1.0 ST Array [HuGene-1_0-st-v1]

(2)利用SAM筛选差异表达基因

首先根据不同样本进行分组（对照组和实验组）,利用SAM算法分别计算基因的差异表达情况，共筛选出差异表达基因。

(3)鉴别致病网络，预测致病基因

1)从疾病基因相关数据库中下载检测疾病中已知的致病基因，与表达谱中的基因取交集，得到致病基因并将其和差异基因一起，作为seed genes.

2)从基因相互作用数据库中获取人类所有基因之间的互作关系网络;从网络中取出与seed genes有互作关系的蛋白对，并将其组成一个网络A; 从网络A中再提取出一个网络B（网络B中的每个基因至少和2个seed genes有互作关系），且网络B被认定为致病网络，其中的基因与发病机理有关。

根据候选致病基因和seed genes之间的互作关系和共表达关系，对网络B中的每一个基因赋予一个weight值，weight值越高，说明其越有可能是潜在的致病基因(即候选基因)，最有可能参与到致病过程(例子见下表，列出了前10个)。

3)利用Genelibs中的网络模块软件对致病网络B中进行模块分析，得到3个模块。为了检测这3个模块的重要性，对每个模块定义一个显著分值(SS值)，为了检测这3个模块的统计学显著性，对每个cluster进行随机置换检验。

4)预测的致病基因(候选基因)可能富集的通路

将seed genes和候选基因一起通过DAVID在线软件进行通路分析，

得到结果（结果示例）：

(注：带有着重符号的基因为seed gene)

图中候选基因与seed gene参与同样的生物学过程，则说明这些候选基因是潜在的致病基因。

(4)总结：

         此分析利用基因组芯片表达谱数据，在结合疾病相关数据库和基因网络数据库，分析并查找了疾病的关键基因。

此流程已经可以在Genelibs平台上在线开放运行，为中级项目，目前为免费使用，

测试和使用请致电：0531-88819269

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