基因云馆新一代信息数据库

编辑推荐：

      一项研究中美国伊利诺伊大学香槟分校的科学家们，实时观察到了活细胞内的跳跃基因活动。

      跳跃基因又称“转座子”或“转位子”,它们是一些能将自己“复制、粘贴”到基因组中新地方的基因片段,能够改变全基因组序列的活动。

   “跳跃基因”无处不在。每个生命领域都携带这些DNA序列，它们沿着一 条染色体从一个位置“跳”到另一个位置；事实上，有接近一半的人类基因组是由跳跃基因组成的。根据它们特定的切除和插入点，跳跃基因可能中断或引发基因表 达，从而驱动基因突变，并导致细胞的多样化。自从上个世纪40年代它们被发现以来，研究人员已经能够研究这些跳跃基因的行为，它们通常被称为转座子或转座因子(TE)，科学家主要通过间接方法，从大部分结果推断出单个跳跃基因的活动。然而，这样的技术不够敏感，不能准确地确定转座子如何或为什么跳跃，以及什么因素引发了它们的活动。并且不能测试出它们跳跃是好是坏以及转座子跳跃是否对生物细胞所带来伤害。

      美国伊利诺伊大学香槟分校的科学家们，实时观察到了活细胞内的跳跃基因活动。这项研究是美国国家科学基金会物理前沿中心活细胞物理中心的物理学教授Thomas Kuhlman和Nigel Goldenfeld合作完成的。

      Kuhlman的研究团队进行了体内实验，他指出：“在这项研究中，较之以前的研究，我们看到了比预期更多的跳跃基因正在活动。更重要的是，我们发 现这些基因跳跃的频率，敏感地依赖于细胞如何生长——例如是否有可用的食物让细胞生长。换句话说，跳跃基因激活并不是完全随机的，它依赖于环境的反馈。”

     为了在活细胞中观察这些独特的细胞进化事件，Kuhlman的团队设计了一个使用大肠杆菌的合成生物学系统。科学家们把编码荧光蛋白（在这项研究中，是蓝色和黄色荧光蛋白）的报告基因的表达，与转座子的跳跃活动结合起来。然后，科学家们可以使用荧光显微镜直观地记录转座子的活动。

     Kuhlman说：“这些基因在一个细胞的基因组内跳跃和改变位置。这种活动相当于一个分子系统，这样，当它们开始跳跃时，整个细胞会发出荧光。在 我们的实验中，细胞在它们不太高兴的时候发出最多的荧光。一种学派表明，在这种不快乐的情况下，这样一种增加的突变率，对多样化的细胞来说可能是一个优 势。”

    为了帮助设计实验，并推断“如果跳跃以一种纯粹随机的模式发生时会是什么情况”，Goldenfeld的研究团队开发了细菌菌落生长的计算机模拟， 并预测在随机的情况下实验信号会是什么样子。这些计算表明，实验不能仅仅被理解为随机转座子活动，甚至能提供非随机性来源的线索，包括环境反馈和遗传。

     Goldenfeld说：“我们的工作涉及大量的计算图像分析，其次是统计分析。为了从原始数据中提取信号和结论，模拟和理论计算对于实验设计和解释是很很重要的。只有利用活细胞物理学中心提供的独特结构，才使得这类合作项目成为可能。”

      Kuhlman补充说：“最首要的长期研究目标是，在分子水平上深入了解进化是如何运作的。直接观察细胞内的基因组如何重组自我，可让我们精确测定 适应率，并可能揭示了一系列重要的进化问题——从生命的出现到癌症的传播，在这些过程中细胞经历了快速突变，并转换了它们的基因组。”

     关于“跳跃基因”，早在2013年就有研究人员采用一种新方法，在其行动时捕捉神出鬼没的“跳跃基因”，他们发现一种DNA类型利用了两个人类蛋白 进行自我复制以及从一个地方移动至另一个地方。这一研究发现使得研究人员突破性地认识到，驱使迁移至人类基因组新区域的跳跃基因，与致力于限制这样的不稳 定DNA片段所带来的风险的细胞之间存在着军备竞赛。

     2015年5月，来自法国国家健康与医学研究院病理学实验室的研究人员，与法国CEA-Saclay和美国一个实验室合作，确定了两种蛋白质之间的 相互作用，是一个转座子整合到酵母基因组中一个特定区域所必不可少的。这些研究结果强调了这些可移动DNA序列在 生物进化与适用中的作用，及其对于基因治疗的潜在价值。

    另外，密西根大学医学院的研究团队指出，没有尾巴的转座子无法进行有效的跳跃。这项研究解决了转座子跳跃的重要问题，有助于限制反转录转座子LINE-1的行动。这项研究也为测试转座子是否决定生物的某一种疾病，以及对治疗这种疾病奠定了基础。逐渐的，“跳跃基因”的私生活慢慢众人熟知，它的各项潜行为也逐步被研究人员公布。

原文摘要：
Real-time transposable element activity in individual live cells
Abstract: The excision and reintegration of transposable elements (TEs) restructure their host genomes, generating cellular diversity involved in evolution, development, and the etiology of human diseases. Our current knowledge of TE behavior primarily results from bulk techniques that generate time and cell ensemble averages, but cannot capture cell-to-cell variation or local environmental and temporal variability. We have developed an experimental system based on the bacterial TE IS608 that uses fluorescent reporters to directly observe single TE excision events in individual cells in real time. We find that TE activity depends upon the TE’s orientation in the genome and the amount of transposase protein in the cell. We also find that TE activity is highly variable throughout the lifetime of the cell. Upon entering stationary phase, TE activity increases in cells hereditarily predisposed to TE activity. These direct observations demonstrate that real-time live-cell imaging of evolution at the molecular and individual event level is a powerful tool for the exploration of genome plasticity in stressed cells.